Оба слова наличествовали ещё в праславянском (ср. укр. лис, бел. ліс, ліса, пол. lis, ст.-сл. лиса). Слово "лиса", вероятно, в русском из церковнославянского, т.к. Ушаков ещё помечает его как "книжное" и "народно-поэтическое" (в отличие от "лисицы").