Perfecto, duvija. Ya veo mejor sobre qué tratamos. Al ponerme el caso de Bueno-Güeno lo veo más claro.
O como Huevo-Güevo.
Aunque este último caso 0>G (pongo 0 para representar que la H es muda, nada suena hasta que llega la siguiente letra, la U), no sé cómo explicarlo en lenguaje técnico, pero no hace mucho lo he explicado con mis propias palabras, me refiero a cuando desde una palabra en inglés, por ejemplo Woman, hay muchos hispanohablantes que introducen una G, antes de la U (w), y no es que lo oigan realmente, porque en el original no lo pronuncian ese fonema G, sino que el hispanohablante lo introduce por ¿"costumbre en su habla"?
Quien pone woman, puede poner Whisky (o cualquiera de sus variantes), When, Win, Want ...
En fin, lo que dices tú, cuando aparece la U diptongada, que le sigue otra vocal.
Igual que de alguien que dice "huevo" /'we.bo/, otro puede escucharlo y pensar que está diciendo /'gwe.bo/ y así lo reproducirá. Por lo tanto, debería escribir eso que pronuncia "güe
bo".
Claro que todo esto tiene mucho que ver con los conocimientos y el bagaje cultural a este respecto, y en concreto de la escritura. Porque, hablar, habla cualquiera de forma natural, para escribir se necesita un aprendizaje y respetar unas reglas establecidas, en este caso por ejemplo sería el saber que la U lleva diéresis, porque si no lo sabes habría quien escribiría "guebo" pronunciándolo como lo indicado /'gwe.bo/
Se ve que eres profesional del ramo, recuerdo más temas donde has aclarado otras dudas respecto a la fonética.
Yo sólo tengo lecturas desperdigadas.
Sobre el alfabeto IPA, cuando pones [x] entiendo que te refieres al sonido de la J castellana, tanto en Jamón, como incluso boJ. O por ejemplo el sonido que aparece en la palabra británica, oiriginal escocesa "lo
CH". O el nombre del músico, escrito Ba
ch.
Aunque, ¿ves?, al menos ahí indican dos variantes a la hora de pronunciar el grupo CH ahí escrito.
http://www.collinsdictionary.com/dictionary/english/loch
En inglés he visto incluso que para representar el sonido [x] usan el dígrafo KH, sobre todo palabras que puede venir del árabe. Pero también es verdad que otras veces los angloparlantes ante eso pueden decir simplemente [k] (enmudeciendo la H), o tratar de unir [k]
, o sea, una K normal, seguida inmediatamente por una H típica inglesa, como Hard, Home, ...
Cuando pones [f] me imagino que es tal como yo pronuncio cualquier F en mi idioma, Fama, Fuego, oFicina. oFrenda, ...
Palabras que provienen del griego se escribían en español hace muchos años, y todavía lo hacen en inglés, usando el dígrafo PH. Philosophia, ... Incluso, por ser griega, supongo que originalmente la I sería Y (i griega, ya el nombre lo dice
... según he leído o esa es la idea que me quedó en su momento, la Y que pronunciaban los griegos era como unir, a la vez, no una tras otra, la I, latina, y una U, algo muy parecido o ¿exactamente lo mismo? que hacen actualmente en francés con la U (no sé si todas o sólo en algunas), o en alemán cuando ven Ü. De alemán yo no tengo ni idea, tampoco de francés, pero en su día me explicaron personalmente cómo pronunciar el apellido Güllich. Y para imitar el sonido que ellos decían en ese Ü yo debía poner la boca, labios, como para pronunciar una U normal en mi idioma, pero a la hora de soltar el aire tenía que intentar imitar una I, y así sale un sonido entre una I y una U. Lo explico así porque así me lo explicaron, eran austríacos, y toda la explicación en inglés, además de poder verles la cara y su forma de emitir el sonido )
En este caso, el de la F-PH, yo siempre me he preguntado ¿es que realmente había diferencia, en origen, entre la F latina y el uso de PH para representar un sonido que emitían los griegos? En origen no sé, pero el hecho de que hoy en día, sobre todo en español, haya desaparecido usar PH, y quedarnos simplemente con F (y en inglés lo hacen también, no siempre, pero existen ambas posibilidades) algo me dice que en origen debían ser sonidos muy parecidos, prácticamente iguales podríamos decir, pero que simplemente se transcribían las palabras en griego manteniendo esa forma suya de hacerlo, con la letra que para ellos equivaldría a una P añadiéndole lo que sería la H.
La verdad es que hay demasiadas preguntas en el aire, es un tema complejo, y más sin tener audios de épocas tan remotas 
Y cuando pones [j] supongo, y remarco el supongo, que te refieres a la "i diptongada". En origen, en latín, no existía esa letra la J, bueno, tampoco existía la U, era la V la que hacía su trabajo. Pero al pasar los años incorporaron esa letra para por ejemplo:
IVLIVS acabar escribiéndolo Jvlivs > Julius > Julio (finalmente en español)
Ahí no entiendo por qué la primera I pasa a J, pero no la segunda, cuando igualmente le sigue una V, exite el mismo diptongo, esto es [ju] ( o esa es la teoría de cómo sonaba la letra V en latín primitivo, incluso he leído que podía haber sonado muy semejante a una BU o algo así, hablo mucho de memoria)
O por ejemplo, que en español tengamos el nombre Sonia, que se escribe así. Y en lenguas con influencia nórdica, lo que serían tribus bárbaras para los romanos, tengan Sonja, así escrito.
Bueno, no me voy a alargar mucho más, porque creo que es un tema para hablar con calma y hacerlo en concreto sobre cada letra.
Y nos estamos saliendo del tema demasiado. Intentando abarcar demasiado. Pero soy todo oídos ante un privado o si ya existe o se crea un tema en concreto para estos asuntos de tanta complejidad.