Effectivement, on devrait dire comme DE l'eau.
Difficile à expliquer, J'essaye quand même:
Ce qui est comparé, ce n'est pas le café et une eau particulière mais le café et la qualité communément attribuée à l'eau.
Quand on dit: "ce café est comme l'eau", on pense: comme l'eau vive, comme l'eau claire, comme l'eau trouble, comme l'eau de la rivière, ou l'eau de l'étang. On parle d'une eau en particulier et du coup, la phrase semble incomplète.
Quand on dit: "ce café est comme de l'eau", on fait implicitement référence à l'élément eau: insipide, incolore, inodore.