Eu diria que são intercambiáveis na maior parte das vezes, mas há usos consagrados de um e de outro. Especular sobre o porquê da consagração de comprido em alguns casos e longo em outros já é um exercício de "achologia", pelo menos para mim. Se alguém conhecer as bases sobre os quais esses usos foram construídos, seria, sim, interessante saber, já que poderíamos inferir algum tipo de regra geral. Mas me parece que voltamos ao caso do "por que se calçam as luvas e se vestem as calças".
Meu uso, depois de muito procurar pelas picuinhas mínimas de diferença entre as duas palavras, tende a encarar "comprido" como qualificativo, primariamente. Um lápis é um objeto comprido, não é redondo nem plano. Significa que uma das suas dimensões é muito maior que as outras duas.
Já longo eu tendo a usar como quantificador. Se o jogo foi longo, então durou mais do que o esperado. O caminho é longo até a salvação (não é curto). De São Paulo a Roma é um longo voo, de San Francisco a Auckland é mais longo ainda. Todo rio é comprido (qualidade), alguns são mais longos (quantidade da dimensão maior) que outros e, salvo engano, o Nilo é o mais longo de todos. Ou será o Yang Tse, não estou seguro. Minhas postagens são normalmente longas, não compridas.
Mas
1 - como acepção secundária, podem equivaler-se; e
2 - há substantivos que "regem" adjetivos preferenciais. Se alguém tem cabelos compridos, o que quero dizer é que o corte do cabelo é verticalizado, não é um channel nem um "joãozinho" nem um moicano. Destaca-se por seu comprimento, não pelo volume. Mas se eu, que uso o corte curto típico masculino+quantomenostrabalhodermelhor, passar dois meses sem corte de cabelo, vou dizer que "o meu cabelo está 'muito' comprido, ficou sem jeito, preciso cortar". Meu cabelo, que é curto, está comprido! E esse seu channel está comprido demais na nuca, nem parece channel. Ou seja, cabelo "rege" comprido. Se ouvir longo, não vejo problema para entender. Pessoas são altas ou baixas, sapatos são grandes ou pequenos, roupas são largas ou apertadas, unhas são grandes ou curtas.