yo aquí sólo le veo el significado de "lugar". Es decir: "donde ya no te tengo (es decir, en el corazón) ha crecido una pena...."
Le ha crecido una pena en el corazón, que es lugar donde el hombre (deduzco que es un hombre) ya no tiene a su amada, seguramente porque ella ya no quería estar más con él.
Estoy pensando q igual ayudaría saber si es una canción española de España o de Latinoamérica, porque igual allí lo entienden de otra forma (siempre con el mismo problemilla, ays! la riqueza del idioma!)