Depende cual sea la colocación exacta de la cocina. Si están situadas "techo con suelo" la opción correcta sería encima de la cocina, o sobre la cocina. Pero encima suena mejor.
"Por encima" parece que la habitación esté esparcida o derramada por la cocina o por los muebles de la cocina, y no tiene sentido. O que está en algún lugar en un piso superior de la casa, no necesariamente en su vertical.
Un saludo