I'd say that it sounds better
"qu'il y paraît" => kili => doesn't sound good
"qu'il n'y paraît" => kilni => rolls softly off the tongue
Comme l'explique MC, le "ne" explétif est tout à fait admissible, mais la formulation "plus difficile qu'il y paraît" sans le "ne" explétif est a fortiori une bonne formulation !La bonne formulation serait donc "plus difficile qu'il y paraît" si ma compréhension est bonne...