Hola Asher.
Lo primero, e importante, es saber que si dices estaba lejos será perfectamente correcto y no comunicará nada distinto a lo que comunica era lejos, en ningún caso.
No sé si poner otros ejemplos donde se usa (se puede usar) ser cerca/lejos (aquí/ahí/allí) puede ser suficiente para 'captar' este (minoritario) uso:
- ¿Falta mucho para llegar?
- No, no, es aquí cerquita.
- ¿Es ahí? (señalando a algún punto)
- Me voy a vivir a Beijing.
- ¡Pero eso es muy lejos!
- Ahora, en avión, no hay distancias, todo *es cerca (aquí sí sería un error).
Estos son ejemplos de un uso coloquial, que es donde más se podría dar esta estructura. También se da, como en tu ejemplo, en contexto literario. Quizá en algunos de estos casos haya implicada una valoración, la intención de señalar la subjetividad del hablante en cuanto a lo mucho o poco cerca/lejos que a ella/él le parece una determinada distancia cuando elige ser en vez de estar. Pero, insisto, es tan sutil la implicatura que, en principio, sabiendo que es un uso a veces posible, pienso que en general, para un extranjero, no tendría que preocupar demasiado (por no decir nada). De hecho, no me suena haber visto este uso explicado en ningún manual de ELE (lo que no significa, claro, que no lo haya, sino que no es relevante).
En última instancia, no habría nada que la elección de ser pudiera señalar que no pudiera expresarse exactamente igual con la entonación:
- Pero eso está muy lejos, qué pereza ir ahora hasta allá.
- ¡Qué bien, ya estamos cerca!