La cosa o a la persona a la que se malinterpreta es el complemento directo, y por tanto, lo correcto es "la". "Le" es un leísmo que sólo se acepta (pero no se recomienda) en masculino singular; aquí es una falta.
No se me ocurre ninguna frase en estos momentos que suene medianamente bien usando el "le" (puede que no la haya), pero la única manera de usarlo con este verbo serían malinterpretando algo a alguien (¿a quién se le ocurriría decir semejante cosa?); entonces la persona sería el indirecto y sí tendría sentido el "le":
Le malinterpretaron las intenciones (a él/ella).
Pero es algo forzado, claro. Hubiera sido más natural decir:
¡¡Gracias!! Precisamente es para un trabajo sobre el leísmo por lo que tengo que buscar ejemplos en el que le no sea correcto (de ahí que las frases sean un poco forzadas), pero con tantos ejemplos... ya estoy empezando a dudar de lo que creo correcto. Mil gracias.