Les deux sont effectivement possibles, je suis d'accord, mais il est vrai que à est nettement plus courant. Je ne pense pas qu'il y ait une raison particulière. En français, on comprend quelque chose (ou rien du tout) à quelque chose. Je ne comprends rien à ce livre. D'ailleurs, on dit toujours "Je n'y comprends rien". On pourrait utiliser en avec un complément un peu différent : "Je n'en comprends aucun passage." (= je ne comprends aucun passage de ce livre).