Depende. Eu pronuncio as duas igualmente se não for dar ênfase ao “que”. De maneira geral temos: qui (átono) qu (antes de vogal tônica, geralmente) e quê (tônico).
Átono: ele finge que trabalha (qui)
“K”: você quer que eu vá? (qu’eu)
Tônico: você o quê? (quê)