"Deber + infinitivo" es una perífrasis de obligación. "Registrarse" no es un verbo pronominal, sino reflexivo (se = a sí mismo). El pronombre enclítico reflexivo (registrarse) siempre se sitúa delante del verbo auxiliar de las perífrasis cuando se vuelve proclítico (Se debe registrar). No existen diferencias de significado entre uno y otro modelo.
Más ejemplos:
-Se pudo hacer una herida/ Pudo hacerse una herida
-Se tuvo que mirar al espejo/ Tuvo que mirarse al espejo