En fait, la construction normale et correcte serait "il s'en va en guerre', sans trait d'union et bien sûr sans "liaison" entre "va" et "en".
Dans la chanson populaire, on a sans doute voulu reproduire, par ironie ou par habitude (parce que la chanson était chantée sous cette forme-là), la faute de prononciation commise par certaines personnes, dont des enfants, qui ont tendance à faire cette fausse "liaison" en s'imaginant que le verbe "va" se termine par un -t. Pour reproduire cet effet à l'écrit mais sans commettre non plus une grossière faute d'orthographe, on a donc intercalé ce -t-. C'est cela qui te perturbe, mais sache que ce n'est pas une forme normale.