¿Y por qué haces una distinción? No entiendoYo pienso que en los casos de Su Majestad o Vuestra Majestad, sí van con mayúscula inicicial ambas palabras. En otros casos de tratamiento de respeto o cortesía no: su Alteza Real, su Santidad, su señoría, su excelencia, etc.
Para aquellas fórmulas honoríficas correspondientes a las más altas dignidades en el tratamiento protocolario (su santidad, su majestad , su excelencia ...), la mayúscula inicial es admisible —aunque no obligada— solo si el tratamiento no va seguido del nombre propio de la persona a la que se refiere: La recepción a Su Santidad será en el palacio arzobispal; pero, si se acompaña del nombre propio, es obligada la minúscula: Esperamos la visita de su santidad Benedicto XVI.