No se puede usar dos veces el past perf en una oracion?
Sí, pero para que el
past perfect tenga sentido, tiene que expresar una acción anterior a otra pasada. El "asesinato" ocurrió antes que "pensar", por lo que el past perfect para "asesinar" encaja:
had killed him. La otra acción pasada, la que ocurrió después (todo lo relacionado con "pensar" pero sin incluir "had killed him", que tiene que ir con el past perfect), va con el past simple:
I thought who had killed him was his wife. Ahora bien, el orden de las palabras siempre tiene importancia, y, aquí, es idiomático poner la información de más relevancia (la esposa, que es la asesina) al principio, y no al final. Visto de otra manera, el complemento más directo de "thought" es "was his wife", y por lo tanto tienen que ir juntos. Por cuestiones sintácticas, "was" necesita un sujeto, función que cumple "it":
I thought it was his wife who had killed him. Para muchos, el past perfect es opcional, ya que el contexto da a entender lo que ocurrió primero y lo que sucedió despues:
I thought it was his wife who killed him. Claro, hay otras formas de decirlo, como lo has visto en el otro hilo:
I thought that his wife had killed him.
Saludos